Καθώς το νερό κυλά στο τοπίο σµιλεύει την περιοχή και κουβαλά αποθέσεις µέσα από διαδροµές νερού που συµβάλλουν και τελικά θα καταλήξουν στη θάλασσα. Στην πορεία αυτή δηµιουργείται το ποτάµιο οικοσύστηµα και τα ποικίλα ενδιαιτήµατα. Τα ποτάµια είναι δυναµικά συστήµατα και αντιδρούν στην τοπογραφία µιας περιοχής όπως για παράδειγµα στις αλλαγές της κλίσης. Έτσι οι σχηµατισµοί της κοίτης του ποταµού αλλάζουν µε τον τόπο και το χρόνο κάτι που ισοδυναµεί µε αλλαγές και στα ενδιαιτήµατα. Η οικολογική ποιότητα της δοµής ενός ποτάµιου οικοσυστήµατος είναι ένας συνδυασµός των φυσικών βιοτόπων και των ενδιαιτηµάτων του.Το ποτάµιο οικοσύστηµα είναι αποτέλεσµα της αλληλεπίδρασης µεταξύ αβιοτικών και βιοτικών παραγόντων. Χαρακτηρίζεται από µια συνεχή µεταφορά ποικίλων συστατικών όπως οργανική ύλη και θρεπτικά συστατικά από τα εδάφη της λεκάνης απορροής σε όλη τη διαδροµή του ποταµού. Οι οργανισµοί που ζουν στον ποταµό εξαρτώνται από αυτή την οργανική και ανόργανη ύλη.
– Οι αβιοτικοί παράγοντες συνίστανται από τις φυσικοχηµικές συνθήκες του νερού, τα µορφολογικά χαρακτηριστικά του ποταµού και τη δοµή και την σύσταση του εδάφους.
– Οι βιοτικοί παράγοντες είναι το σύνολο χλωρίδας και της πανίδας που ζει και αναπτύσσεται στο οικοσύστηµα του ποταµού. Μεταξύ αυτών συµπεριλαµβάνονται οι αποικοδοµητές (οι µύκητες και τα βακτήρια), το φυτοπλαγκτό και ζωοπλαγκτό του ποταµού, το βένθος (οι µικροσκοπικοί και µακροσκοπικοί οργανισµοί που ζουν µέσα στο ίζηµα της κοίτης, ή αλλού), τα ψάρια και τα αµφίβια. Επίσης, φύκη, ή διάφορα µακρόφυτα που είτε είναι βυθισµένα στο νερό, είτε έχουν ένα µέρος έξω από την επιφάνεια όπως τα νούφαρα ή άλλα που µόνο η ρίζα τους είναι στο νερό όπως τα διάφορα καλάµια. Ενδιαφέρουσα είναι και η παρόχθια βλάστηση όπως πόες και θάµνοι.
Το ποτάµιο οικοσύστηµα στην πορεία της ροής του δηµιουργεί βιοτόπους στους οποίους βρίσκουν καταφύγιο και άλλοι οργανισµοί όπως τα πουλιά ή τα θηλαστικά. Για παράδειγµα στην περιοχή του άνω ρου όπου χαρακτηρίζεται από απόκρηµνες πλαγιές και έντονη διάβρωση συναντά κανείς αρπακτικά, βίδρες ή την ορεινή άγρια πέστροφα.